ศาลชั้นต้นได้ตัดสินประหารชีวิตเขาและย้ายเขาไปที่เรือนจำกลางบางขวาง หลังจากนั้นเขาได้ยื่นอุทธรณ์ต่อศาล ซึ่งศาลอุทธรณ์ได้พิพากษายืนตามศาลชั้นต้น เขาจึงยื่นฎีกาต่อศาลและศาลฎีกาก็พิพากษายืนประหารชีวิตตามศาลชั้นต้นและศาลอุทธรณ์ เขาจึงทำหนังสือถวายฎีกาทูลเกล้าขอพระราชทานอภัยโทษ[16] แต่กระทรวงมหาไทยมีความเห็นให้ยกฎีกา[17]

ในวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ.2542 เมื่อเวลา 16.10 น. เจ้าหน้าที่พี่เลี้ยงและหัวหน้าฝ่ายควบคุมกลางได้เบิกตัวเขาจากแดนประหาร ซึ่งเขาได้ลุกขึ้นยืนมาหาเจ้าหน้าที่พี่เลี้ยง ก่อนจะมีการเรียกชื่อ เพราะเขาคิดไว้แล้วล่วงหน้าว่าเขาจะถูกประหารชีวิต เนื่องจากคดีของเขาไม่ต่างจากคดีของพันธ์ สายทอง และเขาได้พูดเสริมว่า"แต่เชื่อไหมครับ ผมไม่ได้ทำน้องนุ่นและความยุติธรรมไปอยู่ที่ไหนหมดก็ไม่รู้" หลังจากที่เจ้าหน้าที่ตำรวจองทะเบียนประวัติอาชญากรและฝ่ายทะเบียนผู้ต้องขังได้เข้ามาพิมพ์ลายนิ้วมือและตรวจสอบประวัติอาชญากร เขาได้ขอเหล้าเป็นอาหารมื้อสุดท้ายเพราะก่อนที่จะก่อคดีฆาตกรรมเขาได้ดื่มเหล้าเป็นประจำจึงต้องการดื่มเหล้าเป็นครั้งสุดท้ายก่อนถูกประหารชีวิต แต่ก็ถูกปฎิเสธเนื่องจากผิดกฎระเบียบของเรือนจำ เขาจึงขอกาแฟเข้มๆ 1 แก้ว กับ ทุเรียนก้านยาว 1 ลูกแทน หลังจากที่มีการอ่านคำสั่งยกฎีกา หลังจากนั้นเขาก็ได้รับอนุญาตให้ทำพินัยกรรมและเขียนจดหมาย ซึ่งเขาไม่ขอทำพินัยกรรมและเขียนจดหมายถึงพ่อกับแม่โดยมีเนื้อความหนึ่งเขียนว่า"ความยุติธรรมไม่มีในโลกนี้ ขอให้ชาติหน้าเกิดเป็นลูกพ่อแม่ใหม่" อาหารมื้อสุดท้ายของเขาประกอบด้วยข้าวเปล่า แกงจืดเต้าหู้หมูสับ น้ำพริกกะปิ ผักต้ม น้ำเปล่า ทุเรียนก้านยาวและกาแฟ เขาถูกประหารชีวิตด้วยการยิงเป้าเมื่อเวลา 17.45 น.[18][19][20] โดยเพชรฆาตเชาวเรศน์ จารุบุณย์[21] หลังจากนั้น 3 นาที แพทย์ได้เข้าไปตรวจสอบร่างกายของเขาและยืนยันการเสียชีวิตของเขา[22] โดยคำพูดสุดท้ายของเขาคือ"ผมขออโหสิกรรมให้ทุกคน รวมทั้งตำรวจที่มาจับกุมผมด้วย ผมไม่ขอมีเวรกรรมกับใครอีก แต่ผมขอยืนยันครั้งสุดท้ายว่าไม่ได้ทำน้องนุ่น"[23]